微生物制造工程中心面向國家及山東省面臨的能源、化工、資源、環境等領域的重大挑戰，致力于開發替代石化制造的綠色生物制造技術，從生產原料、加工過程和終端產品等維度全面升級能源、材料、化學品、醫藥的傳統制造過程，驅動產業模式向可持續的生物制造路線變革。中心以光合藍細菌、絲狀真菌、釀酒酵母等重要微生物為研究對象，以合成生物技術和綠色生物制造技術創新成果的轉移轉化為目標，開展“基因-蛋白-途徑-細胞”等尺度上的基礎和應用研究，打造“資源挖掘為平臺、基礎研究為內核、技術開發為驅動、工程應用為導向”的微生物制造工程創新鏈條和研究團隊。